27 września 1939 r. w Warszawie Związek Harcerstwa Polskiego przeszedł do konspiracji. W warunkach niemieckiej okupacji powołano struktury, które przyjęły kryptonim „Szare Szeregi”. Organizacja stała się największą młodzieżową organizacją konspiracyjną działającą w okupowanej Polsce.
Harcerze nie ograniczali swojej działalności do walki zbrojnej. Konspiracyjne harcerstwo przygotowywało młodych ludzi do służby na rzecz przyszłej, niepodległej Polski. Program oparto na haśle „Dziś – Jutro – Pojutrze”: „Dziś” oznaczało działalność konspiracyjną, „Jutro” – przygotowanie do walki, a „Pojutrze” – służbę w wolnej Polsce.
Z czasem Szare Szeregi podzielono na trzy grupy wiekowe. Zawiszacy (12-14 lat) zajmowali się m.in. łącznością i ratownictwem, Bojowe Szkoły (15-17 lat) prowadziły szkolenie wojskowe, mały sabotaż i działalność wywiadowczą, natomiast najstarsi – Grupy Szturmowe (powyżej 18 lat) uczestniczyli w akcjach dywersyjnych i bojowych. Harcerze walczyli także w szeregach Armii Krajowej podczas Powstania Warszawskiego.
Wśród najbardziej znanych akcji Szarych Szeregów znalazła się Akcja pod Arsenałem w marcu 1943 r., podczas której odbito z rąk Gestapo więźniów, w tym Jana Bytnara „Rudego”. Harcerze uczestniczyli również w zamachu na Franza Kutscherę oraz wielu akcjach sabotażowych i dywersyjnych.
W połowie 1944 r. Szare Szeregi skupiały ponad 15 tysięcy osób, w tym około 7 tysięcy harcerek. Organizacja została rozwiązana 17 stycznia 1945 r. Jej działalność stała się jednym z najbardziej wyrazistych przykładów zaangażowania młodego pokolenia w walkę o niepodległość Polski.
